Tahun 1981/1982 merupakan awal dibukanya Program Studi Pendidikan Matematika pada jenjang Sarjana Muda. Pada tahun 1985, statusnya berubah menjadi S1 yang bernaung di fakultas FKIE IKIP Muhammadiyah Yogyakarta. Seiring dengan perkembangan lembaga, pada tahun 1994 IKIP Muhammadiyah menjadi Universitas Ahmad Dahlan (UAD), Program Studi Pendidikan Matematika berada pada payung Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) UAD.
Pada tahun 2000/2001, Program Studi Pendidikan Matematika sudah mendapat predikat terakreditasi dengan nilai kualifikasi B, dan kualifikasi ini kembali dicapai pada akreditasi tahun 2005 dengan SK Nomor : 016/BAN-PT/Ak-IX/S1/IX/2005. Program studi berusaha keras untuk dapat meningkatkan kualitas lulusan, sehingga mampu menghasilkan lulusan yang kompeten dan mampu bersaing di pasar kerja. Jumlah mahasiswa dari tahun ke tahun rata-rata mengalami kenaikan, yang berasal dari hampir seluruh provinsi yang ada di Indonesia.